[Reddes.bvs-tech] LIS v2.6

Fri Feb 17 10:01:19 BRST 2012

Hola Asael,

He dejado en el servidor ftp://ftp.scielo.br la informaciÃ³n que nos pides en el directorio LIS-LISIC.

Respecto a un email donde sugieres que instalemos las versiones de 64bits de mx, wxis, etcâ€¦ no he hecho nada.  

Te cuento un poco la situaciÃ³n a dÃa de hoy: LIS y LISIC estÃ¡n instalados y pasada la informaciÃ³n de la versiÃ³n anterior (directorio bases y ficheros defineContent*.xml). 

Â·         En la parte pÃºblica podemos navegar, pero en algunos enlaces nos aparece el nÃºmero de resultados obtenidos, pero no muestra el listado de resultados. (por ejemplo: en LIS en Especialidades MÃ©dicas > AnestesiologÃa y ReanimaciÃ³n, tambiÃ©n en Ministerio de Sanidad y PolÃtica Social)

Â·         En la parta privada, la navegaciÃ³n es muy complicada, puesto que sale muy frecuentemente los errores reportados por BelÃ©n y Virginia. Por ejemplo: cuando estÃ¡n en la bÃºsqueda de registros y pretendes ir al menÃº de nuevo, muestra un error. Los tipos de LIS disponibles no aparecen todos, aunque los registros sÃ que estÃ¡n. En algunas bÃºsquedas aparece como tÃtulo una secuencia de palabras ilegibles (ejemplo: nescionescionescionesciones). 

Desde el punto de vista informÃ¡tico, nos exigen tener documentado todos los pasos que hemos hecho para poner en funcionamiento la aplicaciÃ³n. AsÃ que te rogarÃa, que si modificas algÃºn fichero, instalas algo nuevo, o cualquier modificaciÃ³n importante, nos lo comuniques para tenerlo anotado aquÃ en EspaÃ±a.

Un saludo

Cristina G.

De: Asael Costa da Silva [mailto:asael.silva en bireme.org] 
Enviado el: jueves, 16 de febrero de 2012 15:08
Para: Virginia Jimenez
CC: Belen Jaen Casquero; BVS: BVSTECHS lista; Cristina GutiÃ©rrez MartÃn
Asunto: Re: LIS v2.6

Estimadas Virginia y BelÃ©n

A nosotros nos parece que en el item 1 hay problemas con permisos de escritura y/o lectura de archivos y bases de datos. TambiÃ©n hay problemas con formato de presentaciÃ³n (archivos .pft) que no se queda claro.

El item 2 es algo que nosotros no entendemos bien lo que pasa y por eso les pido empaquetar la instalaciÃ³n completa de LIS y LISIC en un archivo .tar.gz o .zip y dejar en un servidor de Uds para que podamos bajar por ftp o http y con indicaciones de rutas, paquetes de apache y php instalados y version del SO Linux utilizados. Eso creo que Cristina puede hacer porque es del area de informaticos.

Intentaremos reproducir el ambiente acÃ¡ porque es muy dificil probar cambiando cÃ³digo en remoto sin acceso visual para mirar los mensajes y errores.

Un abrazo fuerte

Asael Costa da Silva
Analista de Suporte

MTI/RST
BIREME/OPAS/OMS

  _____  

From: "Virginia Jimenez" <virginiaj en isciii.es>
To: "Asael C. da Silva (BIR)" <asael.silva en bireme.org>, "Cristina GutiÃ©rrez MartÃn" <cgutierrez en isciii.es>
Cc: "Belen Jaen Casquero" <bjaen en isciii.es>, "BVS: BVSTECHS lista" <bvs.technical.support en listas.bireme.br>
Sent: Thursday, 16 February, 2012 9:50:26 AM
Subject: RE: LIS v2.6

Estimado Asael,

Por fin ya tenemos instalada la versiÃ³n 2.6, estamos haciendo pruebas en el mÃ³dulo de administraciÃ³n de LIS y LISIC y nos estamos encontrando con varios problemas que no nos permiten continuar.

1.       Errores: continuamente al aÃ±adir registros, modificar usuarios, editar la configuraciÃ³nâ€¦ salen estos dos errores:

        WXIS|execution error|format  <mailto:syntax|@STOP_ERROR.PFT> syntax|@STOP_ERROR.PFT fi| 

        WXIS|fatal error|unavoidable|recread/xropn/w|

2.       ConfiguraciÃ³n tipo de LIS y LISIC: los tipos de LIS aparecen y desaparecen aleatoriamente como â€œpor arte de magiaâ€, cada vez que entramos con una nueva sesiÃ³n aparecen unos tipos y desaparecen otros, ademÃ¡s desaparecen las imÃ¡genes de la pÃ¡gina de administraciÃ³n y cambia los colores del fondo sin que estemos haciendo modificaciones.

No hemos hecho ningÃºn tipo de personalizaciÃ³n en la 2.6 ni vamos a hacerla para que quede como el paquete original, sÃ³lo haremos cambios institucionales: banner, logo, etc.

Â¿Nos puedes echar una mano?, no nos atrevemos a seguir modificando y configurando porque estÃ¡ haciendo cambios â€œrarosâ€.

Muchas gracias. Un abrazo,

BelÃ©n y Virginia

De: Asael Costa da Silva [mailto:asael.silva en bireme.org] 
Enviado el: miÃ©rcoles, 21 de diciembre de 2011 18:53
Para: Cristina GutiÃ©rrez MartÃn
CC: Virginia Jimenez; Belen Jaen Casquero; BVS: BVSTECHS lista
Asunto: Re: LIS v2.6

Estimada Cristina

acerca de su configuraciÃ³n de Virtual Host, le sugerimos hacer los seguientes cambios:

   <Directory "/var/www/lis/htdocs">

       AllowOverride All

       Options FollowSymLinks MultiViews

        Order allow,deny

        Allow from all

                addDefaultCharset ISO-8859-1

    </Directory>

    ScriptAlias /cgi-bin/ "/var/www/lis/cgi-bin/"

    <Directory "/var/www/lis/cgi-bin">

        AllowOverride None

        Options FollowSymLinks ExecCGI

        Order allow,deny

        Allow from all

                AddDefaultCharset ISO-8859-1

    </Directory>

Es necesario empezar nuevamente el servidor Apache despues de grabar los cambios.

DespuÃ©s de reempezar el servidor web por favor haga una nueva prueba con la URL:

http://lispre2.isciiides.es/cgi-bin/wxis.exe?hello 

Avisanos si todavia tiene problemas con el CGI despuÃ©s de los cambios.

Saludos

Asael Costa da Silva
Analista de Suporte

MTI/RST
BIREME/OPAS/OMS

  _____  

From: "Cristina GutiÃ©rrez MartÃn" <cgutierrez en isciii.es>
To: "Asael C. da Silva (BIR)" <asael.silva en bireme.org>
Cc: "Virginia Jimenez" <virginiaj en isciii.es>, "Belen Jaen Casquero" <bjaen en isciii.es>, "BVS: BVSTECHS lista" <bvs.technical.support en listas.bireme.br>
Sent: Wednesday, 21 December, 2011 2:21:15 PM
Subject: RE: LIS v2.6

El directorio cgi-bin de lis estÃ¡ con permisos de lectura y ejecuciÃ³n

<VirtualHost *:80>

    ServerAdmin sistemas en isciii.es

    DocumentRoot /var/www/lis/htdocs

    ServerName lispre2.isciiides.es

    ErrorLog /var/log/httpd/lis_error.log

    CustomLog /var/log/httpd/lis_access.log combined

    <Directory "/var/www/lis/htdocs">

                Options +Indexes FollowSymLinks

        AllowOverride None

        Options FollowSymLinks MultiViews

        Order allow,deny

        Allow from all

                addDefaultCharset ISO-8859-1

    </Directory>

    ScriptAlias /cgi-bin/ "/var/www/lis/cgi-bin/"

    <Directory "/var/www/lis/cgi-bin">

        AllowOverride None

                Options None

        Order allow,deny

        Allow from all

                AddDefaultCharset ISO-8859-1

    </Directory>

</VirtualHost>

Un saludo

Cristina G.

De: Asael Costa da Silva [mailto:asael.silva en bireme.org] 
Enviado el: miÃ©rcoles, 21 de diciembre de 2011 17:14
Para: Cristina GutiÃ©rrez MartÃn
CC: Virginia Jimenez; Belen Jaen Casquero; BVS: BVSTECHS lista
Asunto: Re: LIS v2.6

Estimada Cristina

Por favor, enviame la parte del Virtual Host definido en el httpd-vhosts.conf de la instÃ¡ncia para que yo pueda comprobar si estÃ¡ configurado con permiso al cgi-bin.

Le pido para mirar tambiÃ©n si el directorio cgi-bin y los ficheiros y subdirectorios abajo tienen permisos de lectura y ejecuciÃ³n.

ej.: para archivo -rwxr-xr-x y para directorio drwxrwxr-x
Saludos

Asael Costa da Silva
Analista de Suporte

MTI/RST
BIREME/OPAS/OMS

  _____  

From: "Cristina GutiÃ©rrez MartÃn" <cgutierrez en isciii.es>
To: "Asael C. da Silva (BIR)" <asael.silva en bireme.org>
Cc: "Virginia Jimenez" <virginiaj en isciii.es>, "Belen Jaen Casquero" <bjaen en isciii.es>, "BVS: BVSTECHS lista" <bvs.technical.support en listas.bireme.br>
Sent: Wednesday, 21 December, 2011 1:45:11 PM
Subject: RE: LIS v2.6

La url que me indicas  me dice You don't have permission to access /cgi-bin/wxis.exe on this server.

En el fichero de log de apache, me indica esto: Symbolic link not allowed or link target not accessible: /var/www/lis/cgi-bin/wxis.exe 

Como puedo verificar si el CGI del Apache estÃ¡ habilitado?

De: Asael Costa da Silva [mailto:asael.silva en bireme.org] 
Enviado el: miÃ©rcoles, 21 de diciembre de 2011 16:23
Para: Cristina GutiÃ©rrez MartÃn
CC: Virginia Jimenez; Belen Jaen Casquero; BVS: BVSTECHS lista
Asunto: Re: LIS v2.6

Estimada Cristina

Por favor, haga una prueba para nosotros. En el navegador de internet acceda esta URL:

http://lispre2.isciiides.es/cgi-bin/wxis.exe?hello

Envianos un printscreen de la pantalla de resultado.

Mientras tanto, verifique si el CGI del Apache estÃ¡ habilitado para ejecutar archivos ejecutables y si en cgi-bin el wxis.exe estÃ¡ con permiso de ejecuciÃ³n.

Saludos

Asael Costa da Silva
Analista de Suporte

MTI/RST
BIREME/OPAS/OMS

  _____  

From: "Cristina GutiÃ©rrez MartÃn" <cgutierrez en isciii.es>
To: "Asael C. da Silva (BIR)" <asael.silva en bireme.org>
Cc: "Virginia Jimenez" <virginiaj en isciii.es>, "Belen Jaen Casquero" <bjaen en isciii.es>
Sent: Wednesday, 21 December, 2011 10:36:21 AM
Subject: RE: LIS v2.6

Estimado Asael,

Tras unos dÃas, hemos vuelto a retomar la instalaciÃ³n de LIS EspaÃ±a. Ya disponemos de la versiÃ³n PHP 5.3.X.

Y seguimos con los mismo problemas.

Hemos descargado el cÃ³digo fuente (sin pasar ningÃºn dato del servidor antiguo) y la aplicaciÃ³n da error al pasar de cualquier de estas dos pÃ¡ginas.

Los ficheros defineContent.xml y define.xml estÃ¡n bajo el directorio /bases/lis/xml/E.

Cuando intentamos ir a la pÃ¡gina de entrada de datos (http://lispre2.isciiides.es/cgi-bin/wxis.exe/lis/?IsisScript=lis/lis.xis <http://lispre2.isciiides.es/cgi-bin/wxis.exe/lis/?IsisScript=lis/lis.xis&languageCode=E&title=Localizador+de+Informaci%F3n+en+Salud&Button%5ebentry=Enter> &languageCode=E&title=Localizador+de+Informaci%F3n+en+Salud&Button^bentry=Enter)  nos indica You don't have permission to access /cgi-bin/wxis.exe/lis/ on this server. Y los permisos estÃ¡ igual que en el servidor antiguo.

Cuando intentamos ir a la pÃ¡gina de LIS-Regional  (http://lispre2.isciiides.es/lis-Regional/xmlListT.php?xml[]=@/E/define.xml <http://lispre2.isciiides.es/lis-Regional/xmlListT.php?xml%5b%5d=@/E/define.xml&xml%5b%5d=@/E/defineContent.xml&xsl=lis-Regional/home.xsl> &xml[]=@/E/defineContent.xml&xsl=lis-Regional/home.xsl) , nos muestra la pÃ¡gina en blanco.

Hemos seguido el manual de Requisitos y el de instalaciÃ³n, pero no conseguimos avanzar, nos podÃ©is ayudar o guiar?

Un saludo

Cristina G.

De: Asael Costa da Silva [mailto:asael.silva en bireme.org] 
Enviado el: viernes, 02 de diciembre de 2011 21:06
Para: Cristina GutiÃ©rrez MartÃn
CC: Virginia Jimenez; Belen Jaen Casquero; eprimo en isciii.es; BVS: BVSTECHS lista
Asunto: Re: LIS v2.6

Estimada Cristina

Acerca de su mensaje anterior, tenemos que comentarle que:

1. la diferencia entre la versiÃ³n 2.4a y la 2.6 es que en la Ãºltima, los archivos .xml que necesitaban ser escribidos por la interfaz de administraciÃ³n del aplicativo ahora lo hacen bajo bases. Por este motivo, no es solamente copiar el directorio bases/lis del sitio antÃguo y soscrever todo, pero una mescla manteniendo los archivos nuevos.

2. Despues hay un modo para copiarse los datos desde la versiÃ³n antigua a la nueva, pero a Uds no debe funcionar porque desde la version primera (2.3) instalada el 2003, se han customizados campos y estruturas que tornan diferente los 2 paquetes de LIS de Uds de toda la red de centros colaboradores.

3. El problema con la resoluciÃ³n de la URL es debido la falta de los archivos XML que Ud ha mencionado, pero creo que ponerlos en el directorio correcto no se va arreglar el problema porque, como escribi arriba, hubieron cambios en la estructura del XML para idiomas locales y otros campos que no estÃ¡n contemplados en el paquete estÃ¡ndar.

Acerca de la versiÃ³n de PHP necesaria para instalarse LIS 2.6 les confirmamos que es 5.3.x como explicado en el Manual de Pre-requisitos (pÃ¡gina 26) y el Readme de pÃ¡gina en inglÃ©s (el Leame todavia no existe).

Saludos

Asael Costa da Silva
Analista de Suporte

MTI/RST
BIREME/OPAS/OMS

  _____  

From: "Cristina GutiÃ©rrez MartÃn" <cgutierrez en isciii.es>
To: "Asael C. da Silva (BIR)" <asael.silva en bireme.org>
Cc: "Virginia Jimenez" <virginiaj en isciii.es>, "Belen Jaen Casquero" <bjaen en isciii.es>, eprimo en isciii.es, "BVS: BVSTECHS lista" <bvs.technical.support en listas.bireme.br>
Sent: Friday, 2 December, 2011 10:21:47 AM
Subject: RE: LIS v2.6

Estimado Asael,

Paco ya no trabaja en el Instituto de Salud Carlos III.

Respecto a tus comentarios, decirte que desde que yo llevo aquÃ (2 aÃ±os) no se ha modificado nada en las aplicaciones LIS y LISIC, se han mantenido tal cual como el equipo BIREME las dejÃ³ por mayo del 2009.

Los documentos que indicas de requisitos e instalaciÃ³n ya los leÃmos antes de empezar la instalaciÃ³n. Tienes que tener en cuenta que estamos haciendo una instalaciÃ³n desde cero, puesto que es un servidor nuevo.

Hemos comparado el paquete LIS de la versiÃ³n 2.6 con la instalaciÃ³n que tenemos de LIS v2.4, y hemos encontrado muchas diferencias.

1.       Hemos copiado el directorio bases de LIS2.4 a bases de LIS2.6, puesto que queremos conservar los datos que ya tenÃamos

2.       En LIS2.4 en la ruta /var/www/lis/htdocs/lis-Regional/E hay ficheros defineContent.xml y define.xml que en la versiÃ³n LIS2.6 no existen. En la ruta de acceso a la interfaz busca esos ficheros, por tanto los hemos puesto en esa ruta en el nuevo servidor pero no funciona.

Estas cosas no estÃ¡n en ningÃºn manual de ningÃºn idioma.

Y en el fichero lis/lis.def sÃ³lo hemos adaptado los PATH.

CÃ³mo ves no hemos avanzado nada con respecto al otro dÃa.

Muchas gracias por tu paciencia, probaremos con la lista reddes.bvs-tech en listas.bireme.br, puesto que hemos visto que hay otros paÃses que ya tienen la versiÃ³n 2.6 funcionando, como es el caso de  Uruguay (http://www.bvspsi.org.uy/lis-Regional)

Un saludo

Cristina G.

De: Asael Costa da Silva [mailto:asael.silva en bireme.org] 
Enviado el: jueves, 01 de diciembre de 2011 21:11
Para: Cristina GutiÃ©rrez MartÃn
CC: Virginia Jimenez; Belen Jaen Casquero; eprimo en isciii.es; BVS: BVSTECHS lista
Asunto: Re: LIS v2.6

Estimada Cristina

Voy a contestar abajo de cada pÃ¡rrafo para dejar mÃ¡s claro en color azul.

Un abrazo fuerte a Virginia, BelÃ©n, Elena, AngÃ©lica, las dos Cristinas y Paco. 

Saludos cordiales

Asael Costa da Silva
Analista de Suporte

MTI/RST
BIREME/OPAS/OMS

  _____  

From: "Cristina GutiÃ©rrez MartÃn" <cgutierrez en isciii.es>
To: "Asael Costa da Silva" <asael.silva en bireme.org>
Cc: "Virginia Jimenez" <virginiaj en isciii.es>, "Belen Jaen Casquero" <bjaen en isciii.es>, eprimo en isciii.es
Sent: Wednesday, 30 November, 2011 7:21:07 AM
Subject: LIS v2.6

Buenos dÃas, 

Desde EspaÃ±a estamos haciendo una instalaciÃ³n de la Ãºltima versiÃ³n de LIS (versiÃ³n 2.6) disponible, y tenemos bastantes problemas para poder iniciar:

Â·         Primeramente cual es el usuario para poder acceder a la parte de administraciÃ³n? Nuestro LIS es propio de EspaÃ±a, y en ningÃºn sitio se indica que exista dicho usuario.

Administrador:

- Nombre: adm

- ContraseÃ±a: adm

Editor:

- Nombre: edi

- ContraseÃ±a: edi

Documentalista:

- Nombre: doc

- ContraseÃ±a: doc

Â·         CuÃ¡l tiene que ser la direcciÃ³n de acceso?:

o   En nuestro caso la url es  <http://lispre2.isciiides.es> http://lispre2.isciiides.es (una red interna no tendrÃ©is acceso), y a travÃ©s de esa url no se accede a nada. Tenemos que poner  <http://lispre2.isciiides.es/lis-Regional/index.php> http://lispre2.isciiides.es/lis-Regional/index.php para poder ver algo en el navegador o  <http://lispre2.isciiides.es/lis/> http://lispre2.isciiides.es/lis/ para ver la parte de administraciÃ³n.

Desde la versiÃ³n 2.4 (la antÃgua que Uds utilizan), siempre se accede el aplicativo LIS en dos modos:

- la parte pÃºblica: http://mi-dominio/lis-Regional/

- la parte administrativa: http://mi-dominio/lis/

Â·         Desde la pÃ¡gina de lis-Regional la url que forma, no accede a nada: http://lispre2.isciiides.es/lis-Regional/xmlListT.php?xml[]=@/E/define.xml <http://lispre2.isciiides.es/lis-Regional/xmlListT.php?xml%5b%5d=@/E/define.xml&xml%5b%5d=@/E/defineContent.xml&xsl=lis-Regional/home.xsl> &xml[]=@/E/defineContent.xml&xsl=lis-Regional/home.xsl

o   Primeramente los ficheros lis-Regional/E/defineContent.xml y lis-Regional/E/define.xml no existen ni en E, ni I ni P. Tenemos que crearlos vacÃos, copiarlos de la versiÃ³n anterior, etc..? esta informaciÃ³n no se ve reflejada en la documentaciÃ³n aportada.

Los pasos deberian ser:

1. Acceder la pÃ¡gina de LIS actualizada con la versiÃ³n 2.6 (  <http://bvsmodelo.bvsalud.org/php/level.php?lang=es&component=27&item=4> http://bvsmodelo.bvsalud.org/php/level.php?lang=es&component=27&item=4 ) y leer el documento Manual de instalaciÃ³n de software prerequerido para los aplicativos de la BVS ( http://bvsmodelo.bvsalud.org/download/prereq/PreReq-Manual-es.pdf )

2. Leer al mismo tiempo el documento Installation Readme (de la versiÃ³n en inglÃ©s, porque en espaÃ±ol todavia no hay) a travÃ©s de la URL  <http://bvsmodelo.bvsalud.org/download/lis/2.6/INSTALL-EN.TXT> http://bvsmodelo.bvsalud.org/download/lis/2.6/INSTALL-EN.TXT

3. Tener el aplicativo LIS despaquetado y configurado en acuerdo con el item 2.

4. Hacer prueba de la aplicaciÃ³n con los datos originales del paquete (es decir, sin las customizaciones hechas anteriormente que no son normalizadas).

Â·         Por nuestra cuenta hemos adaptado el fichero /htdocs/lis/lis.def, pero hay que modificar o crear ficheros adicionales?

La Ãºnica cosa que se debe cambiar en lis.def son los camiÃ±os (path) para los directorios y archivos de su instalaciÃ³n. No se debe aÃ±adir o sacar ninguna instrucciÃ³n acÃ¡.

Â·         Es necesario que sea la versiÃ³n de PHP 5.3.X? no valdrÃa con PHP 5.1.X?

La versiÃ³n 2.6 fue pruebada con el PHP 5.3. No la probamos con versiÃ³nes anteriores.

Â·         En el fichero de log obtenemos el siguiente mensaje

[Wed Nov 30 10:14:42 2011] [error] [client 10.15.50.5] PHP Warning:  Call-time pass-by-reference has been deprecated - argument passed by value;  If you would like to pass it by reference, modify the declaration of fsockopen().  If you would like to enable call-time pass-by-reference, you can set allow_call_time_pass_reference to true in your INI file.  However, future versions may not support this any longer.  in /var/www/lis/htdocs/lis-Regional/xmlListT.php on line 190, referer: http://lispre2.isciiides.es/

                Esto puede ser por la versiÃ³n de PHP?

Nos parece que la configuraciÃ³n que Uds tienen de PHP estÃ¡ generando una salida del tipo Warning que no es necesaria.

El mejor es configurar como:

error_reporting = E_COMPILE_ERROR|E_RECOVERABLE_ERROR|E_ERROR|E_CORE_ERROR

Nos gustarÃa que esta documentaciÃ³n estuviese reflejada en la documentaciÃ³n, ya que el documento de instalaciÃ³n es demasiado simple y no aporta nada.

Estamos enviando sus comentarios para el equipo de desarrollo del aplicativo LIS.

Un saludo

Cristina G.

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